Des tours et forteresses furent alors édifiées tant pour parer à ce danger, que pour guider par leurs feux les navires et percevoir les droits de douanes sur leurs cargaisons.
Détruites et reconstruites, à travers les âges, elles suivaient dans leurs changements de cours les bras qu’elles avaient pour mission de défendre et que les atterrissements successifs détournaient de leur tracé primitif.

1572
C’est ainsi que le changement du lit du Rhône en 1588 fit abandonner la tour du Boulouvard, qu’occupaient trente soldats avec deux gros canons, deux fauconneaux, neuf arquebuses et quatre mousquets, pour le Fort du Grau d’Enfert, construit sur la nouvelle branche de Passon et pour la tour du Tampan, aujourd’hui Tourvieille, sur le Rhône du Bras de Fer.
Le fleuve s’en étant écarté de cinq kilomètres, celle-ci fut remplacée en 1658 par la tour de Saint-Genest, construite comme les précédents aux frais de la communauté d’Arles, sur l’ île des Pougaudes, par l’ingénieur Jean Wortcamps et Antoine Paulet, pour les sculptures.

1720
Puis de nouvelles îles se créèrent et elle fut désarmée à son tour, après le changement de lit en 1711. Le nouveau bras dit canal des Launes, fut creusé et endigué et il fallut élever une nouvelle tour pour défendre l’embouchure de ce nouveau Rhône moderne, désormais prisonnier.

1737
L’ingénieur du Roi Senez fut chargé du devis.
Les consuls d’Arles, après avoir revendiqué la faveur de l’élever, se ravisèrent en trouvant cette dépense trop onéreuse. M de Vacquières, subdélégué de l’intendant Latour, la donna alors à prix fait, en 1737, à Guillaume Pillier, Richard Peyre et Gaspard Brunet et elle fut payée
par un impôt spécial de cinq sols par minot de sel débité dans les greniers de Provence, Dauphiné, Languedoc, Lyonnais et Auvergne.

A la fois phare, poste de douane et poste de protection contre les Barbaresques, la tour reçut une garnison de quelques invalides avec trois canons. Elle fut baptisée Tour Saint-Louis, du nom d’une chapelle dédiée au Roi Saint-Louis et qui avait été érigée sur ses terres perdues, afin que les équipages qui attendaient parfois pendant plusieurs semaines, devant la barre, un temps favorable à son franchissement, ne fussent pas privés d’offices religieux. Cet ermitage battu par les vents étaiT si irrégulièrement desservi qu’un particulier, un beau jour, déroba la clef et le changea en entrepôt.

1778
Baliseurs et pêcheurs durent, en 1778, s’adresser à Monseigneur du Lau, archevêque d’Arles, pour qu’il y envoyât chaque dimanche un chapitain de Saint-Trophime.

1790
Les atterrissements du Rhône continuaient, cependant, qui devaient peu à peu porter son embouchure à dix kilomètre de la Tour. Celle-ci devint, sous la révolution, la Tour des embouchures, puis la Tour Monnaidière.

Mais l’apparition des chemins de fer allait porter un coup grave à la navigation, encore aussi prospère dans la première moitié du XIXème siècle que sous les Césars et qui était basée sur les échanges entre le Rhône maritime et le Rhône intérieur dans le port d’Arles, consacrée ville frontière maritime par lettre patente de Henry III, en 1577.

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